酒中的乙醇會被小腸的乙醇脱氫酶轉為乙醛，後者會傷害小腸第三段（第一、二、三段是十二指腸〔Duodenum〕、空腸〔Jejunum〕和迴腸〔lleum〕）的酒杯細胞（小腸有4種細胞：1）上皮細胞〔Epithelial Cell，又叫 Enterocyte〕；2）酒杯細胞；3） 帕內特細胞〔Paneth Cell〕及4）腸內分泌細胞〔Entero-Endocrine Cell〕)。
在機制上，乙醛會引發氧游離基，破壞酒杯細胞的粒線體，而令酒杯細胞自滅（AM. J. Physiol. Gastrointest Liver Physiol. Vol.307, pp. G286-G294） 。本來，酒杯細胞分泌的黏蛋白會溶於水而成為黏液（Mucous），保護大腸內壁的上皮細胞。一旦黏液不足。大腸內億兆個細菌的外毒素便會滲入大腸的門靜脈，直奔向肝。外毒素會大大刺激在肝的免疫巨噬細胞（Kupffer Cell），而引發無菌發炎（Sterile Inilammation）。結果，肝細胞受傷，細胞內的肝酵素（ALT）滲到血液，所以，當血的ALT高，肝受傷的程度便大。
創傷會促使看守肝的成纖維細胞（Stellate Cell）分泌膠原蛋白，用意是修補肝臟。不過，修補不包括回復肝功能。這便形成肝硬化。肝硬化會影響肝的正常運作，比方，減少製造膽固醇（Cholesterol），並增加膽固醇的前身雄固烯二酮（Androstenedione），這是雌激素的前身。
雌激素會激發血管內皮細胞生長因子（《中華婦產科雜誌》〔ZhonghuaFu Chan Ke Za Zhi〕， Vol.49, pp.925-931），因此，肝硬化的病徵是肚皮出現蜘蛛形血管瘤（Spider Angioma）。雌激素亦會令（男性）乳房發大（Gynecomastia）。肝又是製造凝血因子（Coagulation Factor）的大本營，所以，肝硬化病人的血液不容易凝固，輕微碰撞都會瘀了一大片。
肝其中的一個功能是清除血液中的阿摩尼亞（Ammonia），但若肝功能下降，阿摩尼亞能穿過血腦屏障，腦的星形細胞於是利用阿摩尼亞把谷胺酸鹽（Glutamate）轉為麩醯胺酸（Glutamine），這會引出一個滲透作用，致星形細胞腫脹。此情況叫肝腦病燮（Hepatic Encephalopathy），病徵是撲翼樣震顫（Asterixis）：雙臂伸直的時候，手腕不由自主地擺動，好像飛鳥撲翼。肝腦病變會令病人神志不清及昏迷，之後離世。
除了酒精會引發肝炎（Alcoholic Hepattis），某些藥物如給乳癌病人的Tamoxifen，也會引發肝炎（Non-AlcoholicHepatitis ）（ Biomed. Rep., Vol.4, pp.102-106）。肝炎可以引出肝癌。在機制上，一且（肝）細胞受傷，細胞會分泌一個叫WNT的蛋白質，後者黏附在附近未受傷的細胞，而廢掉一個叫 GSK-3的酵素。GSK-3的功能是廢掉乙型連接素。所以，WNT令乙型連接素「逃出生天」，繼而進入細胞核，啟動細胞增生。若（肝）不停發炎，大量的乙型連接素會令細胞瘋狂地增生，即癌變。防止發炎的補健食品叫乙醯半胱胺酸。
